Pendant la Seconde Guerre mondiale, le Serpa Pinto effectue dix voyages entre Lisbonne et Rio de Janeiro et dix autres entre Lisbonne et Philadelphie. Comme c'est l'un des rares paquebots à faire des voyages transatlantiques pendant la guerre, de nombreux réfugiés qui fuient l'Europe nazie se rendent en Amérique du Nord et au Brésil à bord de ce navire.
Des réfugiés du Portugal arrivant à Montréal en avril 1944. Les passagers ont traversé l'Atlantique à bord du Serpa Pinto. (Archives juives canadiennes Alex Dworkin)